Biokepi API : Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration

struct

  module Common_config = struct
    type t = {
      name: string;
      gap_open_penalty: int;
      gap_extension_penalty: int;
      mismatch_penalty: int;
    }
  end

  module Bwa_config (D: sig val default: Common_config.t end) = struct
    include Common_config
    
    let name t = t.name
    let default = D.default
    let to_json
        {name; gap_open_penalty; gap_extension_penalty; mismatch_penalty}
      =
      `Assoc [
        "name", `String name;
        "gap_open_penalty", `Int gap_open_penalty;
        "gap_extension_penalty", `Int gap_extension_penalty;
        "mismatch_penalty", `Int mismatch_penalty;
      ]
  end

  (* 
    Defaults transcribed from BWA manual: 
      http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml
  *)
  let bwa_mem_default = {Common_config.
    name = "default-bwa-mem";
    gap_open_penalty = 6;
    gap_extension_penalty = 1;
    mismatch_penalty = 4;
  }
  module Mem = Bwa_config(struct let default = bwa_mem_default end)

  let bwa_aln_default = {Common_config.
    name = "default-bwa-aln";
    gap_open_penalty = 11;
    gap_extension_penalty = 4;
    mismatch_penalty = 3;
  }
  module Aln = Bwa_config(struct let default = bwa_aln_default end)

end