struct open Biokepi_run_environment open Common (*     Most of the “implementation” part of this module is in the    {!Workflow_utilities} module (because functions are used to prepare VCFs    associated with reference genomres). *)

(** Concatenate VCFs using "vcftools concat". *)

let vcf_concat ~(run_with:Machine.t) ?more_edges vcfs ~final_vcf =   let vcftools = Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.vcftools in   let host = Machine.(as_host run_with) in   let run_program = Machine.run_program run_with in   let reference_build =     Option.value_exn (List.hd vcfs)       ~msg:"Vcftools.vcf_concat: empty vcf list!"     |> fun v -> v#product#reference_build in   Workflow_utilities.Vcftools.vcf_concat_no_machine     ~make_product:(fun p -> KEDSL.vcf_file p ~host ~reference_build)     ~host ~vcftools ~run_program ?more_edges vcfs ~final_vcf end