struct module type Lambda_calculus = sig   type 'a repr  (* representation type *)   (* lambda abstract *)   val lambda : ('a repr -> 'b repr) -> ('a -> 'b) repr   (* application *)   val apply : ('a -> 'b) repr -> 'a repr -> 'b repr   type 'a observation   val observe : (unit -> 'a repr) -> 'a observation end module type Lambda_with_list_operations = sig   include Lambda_calculus   val list: ('a repr) list -> 'a list repr   val list_map: ('a list repr) -> f:('a -> 'b) repr -> ('b list repr) end module type Bioinformatics_base = sig   include Lambda_with_list_operations   open Biokepi_bfx_tools   val pair: 'a repr -> 'b repr -> ('a * 'b) repr   val pair_first: ('a * 'b) repr -> 'a repr   val pair_second: ('a * 'b) repr -> 'b repr   

(** This is used to opacify the type of the expression. *)

  val to_unit: 'a repr -> unit repr   val input_url: string -> [ `Raw_file ] repr   

(** Decrlare an URL as a input to a a pipeline. If the URL has the scheme "file://" or no scheme it will be treated as a “local file” (i.e. local to the Biokepi.Machine.t). If the URL has the schemes "http://" or "https://" the file will be downloaded into the work-directory. If the URL has the scheme "gs://" the file will be fetched thanks to "gsutil" (Google Cloud's storage buckets management tool). For both "http(s)://" and "gs://" schemes one can override the local filename, by adding a "filename" argument to the query part of the URL. E.g. "https://data.example.com/my-sample.bam?filename=sample-from-example.bam". *)

  val save :     name : string ->     'a repr ->     [ `Saved of 'a ] repr   

(** Tag a product of the EDSL as “interesting to be saved” (the meaning is implementation dependent; when compiling to a Ketrew workflow this means copying the file(s) to another directory. *)

  val fastq :     sample_name : string ->     ?fragment_id : string ->     r1: [ `Raw_file ] repr ->     ?r2: [ `Raw_file ] repr ->     unit -> [ `Fastq ] repr   val fastq_gz:     sample_name : string ->     ?fragment_id : string ->     r1: [ `Raw_file ] repr ->     ?r2: [ `Raw_file ] repr ->     unit -> [ `Gz of [ `Fastq ] ] repr   val bam :     sample_name : string ->     ?sorting: [ `Coordinate | `Read_name ] ->     reference_build: string ->     [ `Raw_file ] repr ->     [ `Bam ] repr   val bed :     [ `Raw_file ] repr ->     [ `Bed ] repr   

(** Input a file containing HLA allelles for Topiary *)

  val mhc_alleles:     [ `File of [ `Raw_file ] repr | `Names of string list] ->     [ `MHC_alleles ] repr   val index_bam:     [ `Bam ] repr ->     [ `Bai ] repr   val kallisto:     reference_build: string ->     ?bootstrap_samples: int ->     [ `Fastq ] repr ->     [ `Kallisto_result ] repr   val cufflinks:     ?reference_build: string ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Cufflinks_result ] repr   val gunzip: [ `Gz of 'a] repr -> 'a repr   val gunzip_concat: ([ `Gz of 'a] list) repr -> 'a repr   val concat: ('a list) repr -> 'a repr   val merge_bams:     ?delete_input_on_success: bool ->     ?attach_rg_tag: bool ->     ?uncompressed_bam_output: bool ->     ?compress_level_one: bool ->     ?combine_rg_headers: bool ->     ?combine_pg_headers: bool ->     ([ `Bam ] list) repr -> [ `Bam ] repr   val bam_to_fastq:     ?fragment_id : string ->     [ `SE | `PE ] ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Fastq ] repr   val bwa_aln:     ?configuration: Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Aln.t ->     reference_build: Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr ->     [ `Bam ] repr   val bwa_mem:     ?configuration: Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Mem.t ->     reference_build: Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr ->     [ `Bam ] repr   

(** Optimized version of bwa-mem. *)

  val bwa_mem_opt:     ?configuration: Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Mem.t ->     reference_build: Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [       | `Fastq of [ `Fastq ] repr       | `Fastq_gz of [ `Gz of [ `Fastq ] ] repr       | `Bam of [ `Bam ] repr * [ `PE | `SE ]     ] ->     [ `Bam ] repr   val star:     ?configuration: Star.Configuration.Align.t ->     reference_build: Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr ->     [ `Bam ] repr   val hisat:     ?configuration: Hisat.Configuration.t ->     reference_build: Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr ->     [ `Bam ] repr   val mosaik:     reference_build: Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr ->     [ `Bam ] repr   val stringtie:     ?configuration: Stringtie.Configuration.t ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Gtf ] repr   val gatk_indel_realigner:     ?configuration : Gatk.Configuration.indel_realigner ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Bam ] repr   val gatk_indel_realigner_joint:     ?configuration : Gatk.Configuration.indel_realigner ->     ([ `Bam ] * [ `Bam ]) repr ->     ([ `Bam ] * [ `Bam ]) repr   val picard_mark_duplicates:     ?configuration : Picard.Mark_duplicates_settings.t ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Bam ] repr   val picard_reorder_sam:     ?mem_param : string ->     ?reference_build : string ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Bam ] repr   val picard_clean_bam:     [ `Bam ] repr ->     [ `Bam ] repr   val gatk_bqsr:     ?configuration : Gatk.Configuration.bqsr ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Bam ] repr   val seq2hla:     [ `Fastq ] repr ->     [ `Seq2hla_result ] repr   val optitype:     [`DNA | `RNA] ->     [ `Fastq ] repr ->     [ `Optitype_result ] repr   val hlarp:     [ `Optitype of [`Optitype_result] repr     | `Seq2hla of [`Seq2hla_result] repr] ->     [ `MHC_alleles ] repr   val filter_to_region:     [ `Vcf ] repr ->     [ `Bed ] repr ->     [ `Vcf ] repr   

(** FreeBayes' bamleftalign utility, which left-normalizes indels. That is, indels which could be aligned multiple ways (e.g. AAA_G_GAA is the same as AAAG_G_AA) are moved to the left, as in the first example. This is so that they can be treated uniformly in post-processing. *)

  val bam_left_align:     reference_build: string ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Bam ] repr   

(** Sambamba's view filter tool, used to filter down a BAM to one with reads matching some predicate (filter language at https://github.com/lomereiter/sambamba/wiki/%5Bsambamba-view%5D-Filter-expression-syntax). *)

  val sambamba_filter:     filter: Sambamba.Filter.t ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Bam ] repr   val gatk_haplotype_caller:     [ `Bam ] repr ->     [ `Vcf ] repr   val mutect:     ?configuration: Biokepi_bfx_tools.Mutect.Configuration.t ->     normal: [ `Bam ] repr ->     tumor: [ `Bam ] repr ->     unit ->     [ `Vcf ] repr   val mutect2:     ?configuration: Gatk.Configuration.Mutect2.t ->     normal: [ `Bam ] repr ->     tumor: [ `Bam ] repr ->     unit ->     [ `Vcf ] repr   val somaticsniper:     ?configuration: Somaticsniper.Configuration.t ->     normal: [ `Bam ] repr ->     tumor: [ `Bam ] repr ->     unit ->     [ `Vcf ] repr   val delly2:     ?configuration: Delly2.Configuration.t ->     normal: [ `Bam ] repr ->     tumor: [ `Bam ] repr ->     unit ->     [ `Vcf ] repr   

(** Run delly2 on a tumor/normal sample. *)

  val varscan_somatic:     ?adjust_mapq : int ->     normal: [ `Bam ] repr ->     tumor: [ `Bam ] repr ->     unit ->     [ `Vcf ] repr   val strelka:     ?configuration: Strelka.Configuration.t ->     normal: [ `Bam ] repr ->     tumor: [ `Bam ] repr ->     unit ->     [ `Vcf ] repr   val virmid:     ?configuration: Virmid.Configuration.t ->     normal: [ `Bam ] repr ->     tumor: [ `Bam ] repr ->     unit ->     [ `Vcf ] repr   val muse:     ?configuration: Muse.Configuration.t ->     normal: [ `Bam ] repr ->     tumor: [ `Bam ] repr ->     unit ->     [ `Vcf ] repr   val fastqc: [ `Fastq ] repr -> [ `Fastqc ] repr   

(** Call the FASTQC tool (the result is an output directory custom to the tool). *)

  val flagstat: [ `Bam ] repr -> [ `Flagstat ] repr   val vcf_annotate_polyphen:     [ `Vcf ] repr ->     [ `Vcf ] repr   val snpeff:     [ `Vcf ] repr ->     [ `Vcf ] repr   val isovar:     ?configuration: Isovar.Configuration.t ->     [ `Vcf ] repr ->     [ `Bam ] repr ->     [ `Isovar ] repr   val topiary:     ?configuration: Topiary.Configuration.t ->     [ `Vcf ] repr list ->     Biokepi_run_environment.Hla_utilities.predictor_type ->     [ `MHC_alleles ] repr ->     [ `Topiary ] repr   val vaxrank:     ?configuration: Vaxrank.Configuration.t ->     [ `Vcf ] repr list ->     [ `Bam ] repr ->     Biokepi_run_environment.Hla_utilities.predictor_type ->     [ `MHC_alleles ] repr ->     [ `Vaxrank ] repr   val seqtk_shift_phred_scores:     [ `Fastq ] repr ->     [ `Fastq ] repr end end