Biokepi API : All_downloads.ref_genomes

let ref_genomes_workflow =
  let edges_of_genome g =
    let open Ref_genome in
    List.filter_map [fasta; cosmic_exn; dbsnp_exn; gtf_exn; cdna_exn;]
      ~f:begin fun f ->
        try Some (f g |> Ketrew.EDSL.depends_on) with _ -> None
      end
  in
  let open Ketrew.EDSL in
  let get_all genome =
    workflow_node without_product
      ~name:(sprintf "Get all of %s's files"
               (Ref_genome.name genome))
      ~edges:(edges_of_genome genome)
  in
  let edges =
    let genomes =
      Biokepi_environment_setup.Download_reference_genomes.default_genome_providers in
    List.map genomes ~f:(fun (name, pull) ->
        let genome = pull ~toolkit ~host ~destination_path ~run_program in
        depends_on (get_all genome))
  in
  workflow_node without_product
    ~name:(sprintf "All downloads to %s" destination_path)
    ~tags:["biokepi"; "test"]
    ~edges