let tools_workflow =   let tools_to_test =      let open Biokepi.Machine.Tool.Default in     let which_size_and bin  l =       ("which " ^ bin)       :: ("ls -l $(which " ^ bin ^ ")")       :: ("file $(which " ^ bin ^ ")")       :: l in     [       bwa,       which_size_and "bwa" ["bwa || echo Done"];       stringtie, which_size_and "stringtie" [ "stringtie --help"];       bedtools,  which_size_and "bedtools" [ "bedtools --help"];       vcftools,  which_size_and "vcftools" [ "vcftools --help"];       (* TODO: Mosaik's installation is still broken       mosaik,    which_size_and "MosaikAligner"         ["MosaikAligner --help";          "ls -l \"$MOSAIK_PE_ANN\"";          "ls -l \"$MOSAIK_SE_ANN\""; ];          *)       star,    which_size_and "STAR" []; (* STAR does not work on OSX, can't                                             find a command that exits with 0*)       hisat,   which_size_and "hisat" ["hisat --help"]; (* hisat does not work on OSX*)       hisat2,  which_size_and "hisat2" ["hisat2 --help"]; (* hisat does not work on OSX*)       kallisto, which_size_and "kallisto" ["kallisto version"]; (* kallisto does not work on OSX*)       samtools, which_size_and "samtools" ["samtools --help"];       samtools, which_size_and "bgzip" ["bgzip --help || echo OK"]; (* tool returns 1 on --help *)       samtools, which_size_and "tabix" ["tabix --help || echo OK"]; (* idem. *)       varscan, ["ls -l \"$VARSCAN_JAR\""; "java -jar $VARSCAN_JAR -help"];       picard, ["ls -l \"$PICARD_JAR\""]; (*               "java -jar $PICARD_JAR --help" gave the epic:           "'--help' is not a valid command. See PicardCommandLine --help for more information"             *)       strelka, ["ls -l \"$STRELKA_BIN\"";                 "perl -c $STRELKA_BIN/configureStrelkaWorkflow.pl"];       virmid, ["ls -l \"$VIRMID_JAR\""; "java -jar $VIRMID_JAR -help"];       muse, which_size_and "$muse_bin" ["$muse_bin call -h"];       (* muse call -h displays an error but still returns 0 *)       somaticsniper, which_size_and "somaticsniper" ["somaticsniper -v"];       seq2hla, which_size_and "seq2HLA" ["seq2HLA --version"];       optitype, which_size_and "OptiTypePipeline" ["OptiTypePipeline -h"];       ledit_def,  which_size_and "ledit" ["ledit -v"];       biocaml_def, ["ocamlfind list | grep biocaml"];       hlarp_def, ["hlarp --version"];      ]   in   let open Ketrew.EDSL in   let edges =     List.map tools_to_test ~f:(fun (def, cmds) ->         let tool = Biokepi.Machine.Tool.Kit.get_exn toolkit def in         workflow_node without_product           ~name:(sprintf "Test tool %s: %S, …"                    (Biokepi.Machine.Tool.Definition.to_string def)                    (List.hd_exn cmds))           ~make:(run_program Program.(               Biokepi.Machine.Tool.init tool               && chain (List.map cmds ~f:sh)             ))           ~edges:[             depends_on Biokepi.Machine.Tool.(ensure tool)           ]         |> depends_on       )   in   workflow_node without_product ~name:"All tool installations" ~edges