let index     ~reference_build     ~(run_with : Machine.t) =   let open KEDSL in   let reference_fasta =     Machine.get_reference_genome run_with reference_build     |> Reference_genome.fasta in   let mosaik_tool = Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.mosaik in   let name =     sprintf "mosaik-build-%s" (Filename.basename reference_fasta#product#path) in   let index_result = sprintf "%s.mosaik.dat" reference_fasta#product#path in   let jump_file_result = sprintf "%s.mosaik-index" reference_fasta#product#path in   let mosaik_tmp_dir = (Filename.dirname reference_fasta#product#path) // "mosaik-tmp" in   workflow_node ~name     (single_file ~host:(Machine.(as_host run_with)) index_result)     ~edges:[       on_failure_activate (Remove.file ~run_with jump_file_result);       on_failure_activate (Remove.file ~run_with index_result);       depends_on reference_fasta;       depends_on Machine.Tool.(ensure mosaik_tool);     ]     ~tags:[Target_tags.aligner]     ~make:(Machine.run_big_program run_with ~name              ~self_ids:["mosaik"; "index"]              Program.(                Machine.Tool.(init mosaik_tool)                && shf "mkdir -p %s" mosaik_tmp_dir                && shf "export MOSAIK_TMP=%s" mosaik_tmp_dir                 (* Command to build basic MOSAIK reference file *)                && shf "MosaikBuild -fr %s -oa %s"                  reference_fasta#product#path                  index_result                (* Command to build MOSAIK index file *)                && shf "MosaikJump -ia %s -hs 15 -out %s"                  index_result                  jump_file_result              ))