Biokepi API : Biokepi_bfx_tools.Picard.clean

let clean_bam ~run_with input_bam output_bam_path =
  let open KEDSL in
  let picard_jar = Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.picard in
  let input_path = input_bam#product#path in
  let name = sprintf "picard-cleansam-%s" Filename.(basename input_path) in
  workflow_node (transform_bam input_bam#product output_bam_path)
    ~name
    ~edges:([
      depends_on input_bam;
      depends_on Machine.Tool.(ensure picard_jar);
      on_failure_activate (Remove.file ~run_with output_bam_path);
    ])
    ~make:(
      Machine.run_big_program
        ~name
        run_with
        Program.(
          Machine.Tool.(init picard_jar) &&
          shf "java -jar $PICARD_JAR CleanSam INPUT=%s OUTPUT=%s"
            (Filename.quote input_path)
            (Filename.quote output_bam_path)
        )
    )