let mark_duplicates     ?(settings = Mark_duplicates_settings.default)     ~(run_with: Machine.t) ~input_bam output_bam_path =   let open KEDSL in   let picard_jar = Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.picard in   let metrics_path =     sprintf "%s.%s" (Filename.chop_suffix output_bam_path ".bam") ".metrics" in   let sorted_bam =     Samtools.sort_bam_if_necessary ~run_with input_bam ~by:`Coordinate in   let program =     let java_call =       let default_tmp_dir =         Filename.chop_extension output_bam_path ^ ".tmpdir" in       Mark_duplicates_settings.to_java_shell_call ~default_tmp_dir settings in     Program.(Machine.Tool.(init picard_jar) &&              shf "%s -jar $PICARD_JAR MarkDuplicates VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT INPUT=%s OUTPUT=%s METRICS_FILE=%s"                java_call                (Filename.quote sorted_bam#product#path)                (Filename.quote output_bam_path)                metrics_path) in   let name =     sprintf "picard-markdups-%s" Filename.(basename input_bam#product#path) in   let make =     Machine.run_big_program ~name run_with program       ~self_ids:["picard"; "mark-duplicates"] in   let product = transform_bam  input_bam#product output_bam_path in   workflow_node product     ~name ~make     ~edges:[       depends_on sorted_bam;       depends_on Machine.Tool.(ensure picard_jar);       on_failure_activate (Remove.file ~run_with output_bam_path);       on_failure_activate (Remove.file ~run_with metrics_path);     ]