Biokepi API : Biokepi_bfx_tools.Samtools.flagstat

let flagstat ~(run_with:Machine.t) bam =
  let open KEDSL in
  let samtools = Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.samtools in
  let src = bam#product#path in
  let dest = sprintf "%s.%s" src "flagstat" in
  let program =
    Program.(
      Machine.Tool.(init samtools) &&
      shf "samtools flagstat %s > %s" (Filename.quote src) (Filename.quote dest)
    ) in
  let name = sprintf "samtools-flagstat-%s" Filename.(basename src) in
  let make = Machine.run_program ~name run_with program in
  let host = Machine.(as_host run_with) in
  workflow_node
    (single_file dest ~host) ~name ~make
    ~edges:[
      depends_on bam;
      depends_on Machine.Tool.(ensure samtools);
      on_failure_activate (Remove.file ~run_with dest);
    ]