let index_to_bai ~(run_with:Machine.t) ?(check_sorted=true) input_bam =   begin match input_bam#product#sorting with   | (Some `Read_name | None) when check_sorted ->     failwithf "In function Samtools.index_to_bai the input bam %s is not declared as sorted-by-coordinate (samtools-index requires that)"       input_bam#product#path   | _ -> ()   end;   let product =     KEDSL.single_file  ~host:(Machine.as_host run_with)       (sprintf "%s.%s" input_bam#product#path "bai") in   let make_command src des = ["index"; "-b"; src] in   do_on_bam ~run_with input_bam ~product ~make_command     ~name:(sprintf "Samtools-index %s"              Filename.(basename input_bam#product#path))