Biokepi API : Biokepi_bfx_tools.Samtools.tabix

let tabix ~run_with ~tabular_format input_file =
  let open KEDSL in
  let samtools = Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.samtools in
  let output_path = input_file#product#path ^ ".tbi" in
  let minus_p_argument =
    match tabular_format with
    | `Gff -> "gff"
    | `Bed -> "bed"
    | `Sam -> "sam"
    | `Vcf -> "vcf"
    | `Psltab -> "psltab" in
  let program =
    Program.(
      Machine.Tool.(init samtools)
      && shf "tabix -p %s %s"
        minus_p_argument
        input_file#product#path
    ) in
  let name =
    sprintf "samtools-tabix-%s" Filename.(basename input_file#product#path) in
  let make = Machine.run_program ~name run_with program in
  let host = Machine.(as_host run_with) in
  workflow_node
    (single_file output_path ~host) ~name ~make
    ~edges:[
      depends_on input_file;
      depends_on Machine.Tool.(ensure samtools);
      on_failure_activate (Remove.file ~run_with output_path);
    ]