let run     ~configuration     ~(run_with:Machine.t)     ~bam     ~result_prefix () =   let open KEDSL in   let name = sprintf "stringtie-%s" (Filename.basename result_prefix) in   let result_file suffix = result_prefix ^ suffix in   let output_dir = result_file "-stringtie_output" in   let output_file_path = output_dir // "output.gtf" in   let reference_genome =     Machine.get_reference_genome run_with bam#product#reference_build in   let reference_fasta = Reference_genome.fasta reference_genome in   let sorted_bam =     Samtools.sort_bam_if_necessary ~run_with ~by:`Coordinate bam in   let reference_annotations =     let gtf = Reference_genome.gtf reference_genome in     let use_the_gtf = configuration.Configuration.use_reference_gtf in     match use_the_gtf, gtf with     | trueSome some -> Some some     | false, _ -> None     | trueNone ->       failwithf "Stringtie: use_reference_gtf is `true` but the genome %s does not provide one (use another genome or allow this to run without GTF by giving another Configuration.t)"         (Reference_genome.name reference_genome)   in   let stringtie_tool =     Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.stringtie in   let processors = Machine.max_processors run_with in   let make =     let reference_annotations_option =       Option.value_map ~default:"" reference_annotations         ~f:(fun o -> sprintf "-G %s" Filename.(quote o#product#path)) in     Machine.run_big_program run_with ~name ~processors       ~self_ids:["stringtie"]       Program.(         Machine.Tool.init stringtie_tool         && shf "mkdir -p %s" output_dir         && shf "stringtie %s -p %d %s -o %s "           sorted_bam#product#path           processors           reference_annotations_option           output_file_path       )   in   let edges =     Option.value_map ~default:[] reference_annotations       ~f:(fun o -> [depends_on o])     @ [       depends_on sorted_bam;       depends_on reference_fasta;       depends_on (Machine.Tool.ensure stringtie_tool);       depends_on (Samtools.index_to_bai ~run_with sorted_bam);     ]   in   workflow_node ~name ~make ~edges     (single_file output_file_path ~host:(Machine.as_host run_with))