let run ~(run_with: Machine.t)   ~configuration    ~reference_build   ~vcfs   ~predictor   ~alleles_file   ~output =   let open KEDSL in   let topiary =     Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Definition.(create "topiary")   in   let predictor_tool = predictor_to_tool ~run_with predictor in   let (predictor_edges, predictor_init) =     match predictor_tool with     | Some (e, i) -> ([depends_on e;], i)     | None -> ([], Program.(sh "echo 'No external prediction tool required'"))   in   let var_arg = List.concat_map vcfs ~f:(fun v -> ["--vcf"; v#product#path]) in   let predictor_arg = ["--mhc-predictor"; (predictor_to_string predictor)] in   let allele_arg = ["--mhc-alleles-file"; alleles_file#product#path] in   let (output_arg, output_path) =      match output with     | `HTML html_file -> ["--output-html"; html_file], html_file     | `CSV csv_file -> ["--output-csv"; csv_file], csv_file   in   let str_of_str a = a in   let maybe_argument ~f arg_name value =      match value with     | None -> []     | Some arg_value -> [arg_name; f arg_value]   in   let if_argument arg_name value = if value then [arg_name] else [] in   let open Configuration in   let c = configuration in   let rna_arg =        (maybe_argument ~f:str_of_str "--rna-gene-fpkm-tracking-file" c.rna_gene_fpkm_tracking_file)     @ (maybe_argument ~f:string_of_float "--rna-min-gene-expression" (Some c.rna_min_gene_expression))     @ (maybe_argument ~f:str_of_str "--rna-transcript-fpkm-tracking-file" c.rna_transcript_fpkm_tracking_file)     @ (maybe_argument ~f:string_of_float "--rna-min-transcript-expression" (Some c.rna_min_transcript_expression))     @ (maybe_argument ~f:str_of_str "--rna-transcript-fpkm-gtf-file" c.rna_transcript_fkpm_gtf_file)   in   let string_of_intlist l = l |> List.map ~f:string_of_int |> String.concat ~sep:"," in   let length_arg = maybe_argument ~f:string_of_intlist "--mhc-epitope-lengths" (Some c.mhc_epitope_lengths) in   let ic50_arg = maybe_argument ~f:string_of_float "--ic50-cutoff" (Some c.ic50_cutoff) in   let percentile_arg = maybe_argument ~f:string_of_float "--percentile-cutoff" (Some c.percentile_cutoff) in   let padding_arg = maybe_argument ~f:string_of_int "--padding-around-mutation" c.padding_around_mutation in    let self_filter_directory = maybe_argument ~f:str_of_str "--self-filter-directory" c.self_filter_directory in   let skip_error_arg = if_argument "--skip-variant-errors" c.skip_variant_errors in   let novel_arg = if_argument "--only-novel-epitopes" c.only_novel_epitopes in   let arguments =        var_arg @ predictor_arg @ allele_arg @ output_arg @ rna_arg       @ length_arg @ novel_arg @ ic50_arg @ percentile_arg @ padding_arg       @ skip_error_arg @ self_filter_directory       @ Configuration.render configuration   in   let name = sprintf "topiary_%s" (Filename.basename output_path) in   workflow_node     (single_file output_path ~host:Machine.(as_host run_with))     ~name     ~edges:([       depends_on Machine.Tool.(ensure topiary);       depends_on (Pyensembl.cache_genome ~run_with ~reference_build);       depends_on alleles_file;     ] @ (List.map ~f:depends_on vcfs)       @ predictor_edges)     ~make:(       Machine.run_program run_with ~name         Program.(           Machine.Tool.(init topiary)           && predictor_init           && Pyensembl.(set_cache_dir_command ~run_with)           && exec (["topiary"] @ arguments)         )     )