let run     ~run_with ~normal ~tumor ~result_prefix     ?(more_edges = []) ~configuration () =   let open KEDSL in   let open Configuration in    let name = Filename.basename result_prefix in   let result_file suffix = result_prefix ^ suffix in   let output_file = result_file "-somatic.vcf" in   let output_prefix = "virmid-output" in   let work_dir = result_file "-workdir" in   let reference_fasta =     Machine.get_reference_genome run_with normal#product#reference_build     |> Reference_genome.fasta in   let virmid_tool = Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.virmid in   let virmid_somatic_broken_vcf =     (* maybe it's actually not broken, but later tools can be        annoyed by the a space in the header. *)     work_dir // Filename.basename tumor#product#path ^ ".virmid.som.passed.vcf" in   let processors = Machine.max_processors run_with in   let make =     Machine.run_big_program run_with ~name ~processors       ~self_ids:["virmid"]       Program.(         Machine.Tool.init virmid_tool         && shf "mkdir -p %s" work_dir         && sh (String.concat ~sep:" " ([             "java -jar $VIRMID_JAR -f";             "-w"; work_dir;             "-R"; reference_fasta#product#path;             "-D"; tumor#product#path;             "-N"; normal#product#path;             "-t"; Int.to_string processors;             "-o"; output_prefix;           ] @ Configuration.render configuration))         && shf "sed 's/\\(##INFO.*Number=A,Type=String,\\) /\\1/' %s > %s"           virmid_somatic_broken_vcf output_file           (* We construct the `output_file` out of the “broken” one with `sed`. *)       )   in   workflow_node ~name ~make     (vcf_file output_file        ~reference_build:normal#product#reference_build        ~host:Machine.(as_host run_with))     ~edges:(more_edges @ [         depends_on normal;         depends_on tumor;         depends_on reference_fasta;         depends_on (Machine.Tool.ensure virmid_tool);       ])