let rec compile_gtf_step ~compiler (pipeline: gtf pipeline) =     let {reference_build; work_dir; machine; _} = compiler in     let result_prefix = work_dir // to_file_prefix pipeline in     dbg "Result_Prefix: %S" result_prefix;     let gtf_node =       match pipeline with       | Stringtie (configuration, bam) ->         let bam = compile_aligner_step ~compiler bam in         Stringtie.run ~configuration           ~bam ~result_prefix ~run_with:machine ()       | With_metadata (metadata_spec, p) ->         compile_gtf_step ~compiler p         |> apply_with_metadata ~metadata_spec     in     compiler.wrap_gtf_node pipeline gtf_node