let bwa_mem_opt       ?(configuration = Tools.Bwa.Configuration.Mem.default)       ~reference_build       input =     match input with     | `Fastq f ->       aligner "bwa-mem-opt-fq" (Tools.Bwa.Configuration.Mem.name configuration)         ~reference_build f     | `Fastq_gz f ->       aligner "bwa-mem-opt-fqz" (Tools.Bwa.Configuration.Mem.name configuration)         ~reference_build f     | `Bam (f, _) ->       aligner "bwa-mem-opt-bam" (Tools.Bwa.Configuration.Mem.name configuration)         ~reference_build f