let gatk_bqsr ?(configuration = Tools.Gatk.Configuration.default_bqsr) =     let (bqsr, preads) = configuration in     one_to_one "gatk_bqsr"       (sprintf "B%s-PR%s"          bqsr.Tools.Gatk.Configuration.Bqsr.name          preads.Tools.Gatk.Configuration.Print_reads.name)