let bam_to_fastq ?fragment_id how bam =     let input_bam = get_bam (AF.get_file bam) in     let sample_type = match how with `SE -> `Single_end | `PE -> `Paired_end in     let sample_type_str = match how with `PE -> "PE" | `SE -> "SE" in     let output_prefix =       Config.work_dir       // sprintf "%s-b2fq-%s"         Filename.(chop_extension (basename input_bam#product#path))         sample_type_str     in     Fastq (       Tools.Picard.bam_to_fastq ~run_with ~sample_type         ~output_prefix input_bam     ) |> AF.with_provenance "bam-to-fastq" ["bam", AF.get_provenance bam]       ~string_arguments:(("sample-type", sample_type_str)                          :: Option.value_map ~default:[] fragment_id                            ~f:(fun fi -> ["fragment-id", fi]))