let gatk_indel_realigner       ?(configuration = Tools.Gatk.Configuration.default_indel_realigner)       bam =     let input_bam = get_bam (AF.get_file bam) in     Bam (indel_realigner_function ~configuration (KEDSL.Single_bam input_bam))     |> indel_realigner_provenance ~configuration ["bam", AF.get_provenance bam]