Biokepi API : Biokepi_pipeline_edsl.To

let hlarp input =
    let out o =
      Name_file.from_path o ~readable_suffix:"hlarp.csv" [] in
    let hlarp = Tools.Hlarp.run ~run_with in
    let hla_result, output_path, prov_argument =
      match input with
      | `Seq2hla v ->
        let r = get_seq2hla_result (AF.get_file v) in
        `Seq2hla r, out r#product#work_dir_path, ("seq2hla", AF.get_provenance v)
      | `Optitype v ->
        let r = get_optitype_result (AF.get_file v) in
        `Optitype r, out r#product#path, ("optitype", AF.get_provenance v)
    in
    let res = hlarp ~hla_result ~output_path in
    MHC_alleles res |> AF.with_provenance "hlarp" [prov_argument]