let index_bam bam =     let input_bam = get_bam (AF.get_file bam) in     let sorted_bam = Tools.Samtools.sort_bam_if_necessary ~run_with ~by:`Coordinate input_bam in     Bai (       Tools.Samtools.index_to_bai         ~run_with ~check_sorted:true sorted_bam     ) |> AF.with_provenance "index-bam" ["bam", AF.get_provenance bam]