let picard_mark_duplicates       ?(configuration = Tools.Picard.Mark_duplicates_settings.default) bam =     let input_bam = get_bam (AF.get_file bam) in     let output_bam =       (* We assume that the settings do not impact the actual result. *)       Name_file.from_path input_bam#product#path         ~readable_suffix:"mark_dups.bam" [] in     Bam (       Tools.Picard.mark_duplicates ~settings:configuration         ~run_with ~input_bam output_bam     )|> AF.with_provenance "picard-mark-duplicates"       ["bam", AF.get_provenance bam]