let stringtie ?(configuration = Tools.Stringtie.Configuration.default) bamt =     let bam = get_bam (AF.get_file bamt) in     let result_prefix =       Name_file.from_path bam#product#path ~readable_suffix:"stringtie" [         configuration.Tools.Stringtie.Configuration.name;       ] in     Gtf (Tools.Stringtie.run ~configuration ~bam ~result_prefix ~run_with ())     |> AF.with_provenance "stringtie" ["bam", AF.get_provenance bamt]       ~string_arguments:["configuration-name",                          configuration.Tools.Stringtie.Configuration.name]       ~json_arguments:["configuration",                        Tools.Stringtie.Configuration.to_json configuration]