let varscan_somatic ?adjust_mapq =     somatic_vc "varscan_somatic"       (fun () ->         sprintf "Amq%s"           (Option.value_map adjust_mapq ~default:"N" ~f:Int.to_string))       (fun () ->          `Assoc [            "adjust-mapq",             Option.value_map adjust_mapq              ~default:(`String "None") ~f:(fun i -> `Int i)          ])       ()       (fun         ~configuration ~run_with         ~normal ~tumor ~result_prefix ->         Tools.Varscan.somatic_map_reduce ?adjust_mapq           ~run_with ~normal ~tumor ~result_prefix ())       ~configuration:()