Biokepi API : Biokepi_run_environment.Hla_utilities.sanitize_hlarp_out_for

let sanitize_hlarp_out_for_mhctools ~run_with ~hlarp_result ~output_path = 
  let open KEDSL in
  let input_path = hlarp_result#product#path in
  let name = 
    sprintf
      "Extract and sanitize alleles: %s"
      (hlarp_result#render#name)
  in
  let edges = [ depends_on hlarp_result; ] in
  let product = single_file ~host:(Machine.as_host run_with) output_path in
  let tmp_path = output_path ^ ".tmp" in
  let make = Machine.(
    run_program run_with
      ~requirements:[ `Quick_run; ]
      Program.(
        shf "cat %s | grep -v '^2' | awk -F , '{ gsub(/^[ \t]+|[ \t]+$/,\"\", $2); print $2}' | tail -n +2 | sed \"s/'//\" > %s && mv %s %s"
           input_path tmp_path tmp_path output_path
      )
    )
  in
  workflow_node product ~name ~make ~edges