sig   type 'a repr = var_count:int -> Biokepi_pipeline_edsl.To_dot.Tree.t   val lambda : ('a repr -> 'b repr) -> ('a -> 'b) repr   val apply : ('a -> 'b) repr -> 'a repr -> 'b repr   type 'a observation =       parameters:Biokepi_pipeline_edsl.To_dot.parameters -> SmartPrint.t   val observe : (unit -> 'a repr) -> 'a observation   val list : 'a repr list -> 'a list repr   val list_map : 'a list repr -> f:('a -> 'b) repr -> 'b list repr   val pair : 'a repr -> 'b repr -> ('a * 'b) repr   val pair_first : ('a * 'b) repr -> 'a repr   val pair_second : ('a * 'b) repr -> 'b repr   val to_unit : 'a repr -> unit repr   val input_url : string -> [ `Raw_file ] repr   val save : name:string -> 'a repr -> [ `Saved of 'a ] repr   val fastq :     sample_name:string ->     ?fragment_id:string ->     r1:[ `Raw_file ] repr ->     ?r2:[ `Raw_file ] repr -> unit -> [ `Fastq ] repr   val fastq_gz :     sample_name:string ->     ?fragment_id:string ->     r1:[ `Raw_file ] repr ->     ?r2:[ `Raw_file ] repr -> unit -> [ `Gz of [ `Fastq ] ] repr   val bam :     sample_name:string ->     ?sorting:[ `Coordinate | `Read_name ] ->     reference_build:string -> [ `Raw_file ] repr -> [ `Bam ] repr   val bed : [ `Raw_file ] repr -> [ `Bed ] repr   val mhc_alleles :     [ `File of [ `Raw_file ] repr | `Names of string list ] ->     [ `MHC_alleles ] repr   val index_bam : [ `Bam ] repr -> [ `Bai ] repr   val kallisto :     reference_build:string ->     ?bootstrap_samples:int -> [ `Fastq ] repr -> [ `Kallisto_result ] repr   val cufflinks :     ?reference_build:string -> [ `Bam ] repr -> [ `Cufflinks_result ] repr   val gunzip : [ `Gz of 'a ] repr -> 'a repr   val gunzip_concat : [ `Gz of 'a ] list repr -> 'a repr   val concat : 'a list repr -> 'a repr   val merge_bams :     ?delete_input_on_success:bool ->     ?attach_rg_tag:bool ->     ?uncompressed_bam_output:bool ->     ?compress_level_one:bool ->     ?combine_rg_headers:bool ->     ?combine_pg_headers:bool -> [ `Bam ] list repr -> [ `Bam ] repr   val bam_to_fastq :     ?fragment_id:string -> [ `PE | `SE ] -> [ `Bam ] repr -> [ `Fastq ] repr   val bwa_aln :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Aln.t ->     reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr   val bwa_mem :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Mem.t ->     reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr   val bwa_mem_opt :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Mem.t ->     reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Bam of [ `Bam ] repr * [ `PE | `SE ]     | `Fastq of [ `Fastq ] repr     | `Fastq_gz of [ `Gz of [ `Fastq ] ] repr ] -> [ `Bam ] repr   val star :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Star.Configuration.Align.t ->     reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr   val hisat :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Hisat.Configuration.t ->     reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr   val mosaik :     reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->     [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr   val stringtie :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Stringtie.Configuration.t ->     [ `Bam ] repr -> [ `Gtf ] repr   val gatk_indel_realigner :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.indel_realigner ->     [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr   val gatk_indel_realigner_joint :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.indel_realigner ->     ([ `Bam ] * [ `Bam ]) repr -> ([ `Bam ] * [ `Bam ]) repr   val picard_mark_duplicates :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Picard.Mark_duplicates_settings.t ->     [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr   val picard_reorder_sam :     ?mem_param:string ->     ?reference_build:string -> [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr   val picard_clean_bam : [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr   val gatk_bqsr :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.bqsr ->     [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr   val seq2hla : [ `Fastq ] repr -> [ `Seq2hla_result ] repr   val optitype :     [ `DNA | `RNA ] -> [ `Fastq ] repr -> [ `Optitype_result ] repr   val hlarp :     [ `Optitype of [ `Optitype_result ] repr     | `Seq2hla of [ `Seq2hla_result ] repr ] -> [ `MHC_alleles ] repr   val filter_to_region : [ `Vcf ] repr -> [ `Bed ] repr -> [ `Vcf ] repr   val bam_left_align :     reference_build:string -> [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr   val sambamba_filter :     filter:Biokepi_bfx_tools.Sambamba.Filter.t ->     [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr   val gatk_haplotype_caller : [ `Bam ] repr -> [ `Vcf ] repr   val mutect :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Mutect.Configuration.t ->     normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr   val mutect2 :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t ->     normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr   val somaticsniper :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Somaticsniper.Configuration.t ->     normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr   val delly2 :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Delly2.Configuration.t ->     normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr   val varscan_somatic :     ?adjust_mapq:int ->     normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr   val strelka :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Strelka.Configuration.t ->     normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr   val virmid :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Virmid.Configuration.t ->     normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr   val muse :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Muse.Configuration.t ->     normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr   val fastqc : [ `Fastq ] repr -> [ `Fastqc ] repr   val flagstat : [ `Bam ] repr -> [ `Flagstat ] repr   val vcf_annotate_polyphen : [ `Vcf ] repr -> [ `Vcf ] repr   val snpeff : [ `Vcf ] repr -> [ `Vcf ] repr   val isovar :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Isovar.Configuration.t ->     [ `Vcf ] repr -> [ `Bam ] repr -> [ `Isovar ] repr   val topiary :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Topiary.Configuration.t ->     [ `Vcf ] repr list ->     Biokepi_run_environment.Hla_utilities.predictor_type ->     [ `MHC_alleles ] repr -> [ `Topiary ] repr   val vaxrank :     ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Vaxrank.Configuration.t ->     [ `Vcf ] repr list ->     [ `Bam ] repr ->     Biokepi_run_environment.Hla_utilities.predictor_type ->     [ `MHC_alleles ] repr -> [ `Vaxrank ] repr   val seqtk_shift_phred_scores : [ `Fastq ] repr -> [ `Fastq ] repr   type parameters =     Biokepi_pipeline_edsl.To_dot.parameters = {     color_input :       name:string -> attributes:(string * string) list -> string option;   }   val default_parameters : Biokepi.EDSL.Compile.??.parameters end