Biokepi API : Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration

sig
  module Common_config :
    sig
      type t = {
        name : string;
        gap_open_penalty : int;
        gap_extension_penalty : int;
        mismatch_penalty : int;
      }
    end
  module Bwa_config :
    functor
      (D : sig
             val default :
               Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Common_config.t
           end) ->
      sig
        type t =
          Common_config.t = {
          name : string;
          gap_open_penalty : int;
          gap_extension_penalty : int;
          mismatch_penalty : int;
        }
        val name : t -> string
        val default : Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Common_config.t
        val to_json :
          t ->
          [> `Assoc of (string * [> `Int of int | `String of string ]) list ]
      end
  val bwa_mem_default : Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Common_config.t
  module Mem :
    sig
      type t =
        Common_config.t = {
        name : string;
        gap_open_penalty : int;
        gap_extension_penalty : int;
        mismatch_penalty : int;
      }
      val name : t -> string
      val default : Common_config.t
      val to_json :
        t ->
        [> `Assoc of (string * [> `Int of int | `String of string ]) list ]
    end
  val bwa_aln_default : Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Common_config.t
  module Aln :
    sig
      type t =
        Common_config.t = {
        name : string;
        gap_open_penalty : int;
        gap_extension_penalty : int;
        mismatch_penalty : int;
      }
      val name : t -> string
      val default : Common_config.t
      val to_json :
        t ->
        [> `Assoc of (string * [> `Int of int | `String of string ]) list ]
    end
end