sig   module Remove = Biokepi_run_environment.Workflow_utilities.Remove   module Configuration :     sig       module Gatk_config :         functor () ->           sig             type t = {               name : string;               filter_reads_with_n_cigar : bool;               filter_mismatching_base_and_quals : bool;               filter_bases_not_stored : bool;               parameters : (string * string) list;             }             val name :               Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Gatk_config.t -> string             val to_json :               Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Gatk_config.t ->               Yojson.Basic.json             val render :               Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Gatk_config.t ->               string list             val default : Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Gatk_config.t           end       module Indel_realigner :         sig           type t = {             name : string;             filter_reads_with_n_cigar : bool;             filter_mismatching_base_and_quals : bool;             filter_bases_not_stored : bool;             parameters : (string * string) list;           }           val name : t -> string           val to_json : t -> Yojson.Basic.json           val render : t -> string list           val default : t         end       module Realigner_target_creator :         sig           type t = {             name : string;             filter_reads_with_n_cigar : bool;             filter_mismatching_base_and_quals : bool;             filter_bases_not_stored : bool;             parameters : (string * string) list;           }           val name : t -> string           val to_json : t -> Yojson.Basic.json           val render : t -> string list           val default : t         end       module Bqsr :         sig           type t = {             name : string;             filter_reads_with_n_cigar : bool;             filter_mismatching_base_and_quals : bool;             filter_bases_not_stored : bool;             parameters : (string * string) list;           }           val name : t -> string           val to_json : t -> Yojson.Basic.json           val render : t -> string list           val default : t         end       module Print_reads :         sig           type t = {             name : string;             filter_reads_with_n_cigar : bool;             filter_mismatching_base_and_quals : bool;             filter_bases_not_stored : bool;             parameters : (string * string) list;           }           val name : t -> string           val to_json : t -> Yojson.Basic.json           val render : t -> string list           val default : t         end       type indel_realigner =           Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Indel_realigner.t *           Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Realigner_target_creator.t       type bqsr =           Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Bqsr.t *           Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Print_reads.t       val default_indel_realigner :         Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Indel_realigner.t *         Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Realigner_target_creator.t       val default_bqsr :         Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Bqsr.t *         Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Print_reads.t       module Mutect2 :         sig           type t = {             name : string;             use_dbsnp : bool;             use_cosmic : bool;             additional_arguments : string list;           }           val create :             ?use_dbsnp:bool ->             ?use_cosmic:bool ->             string ->             string list -> Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t           val to_json :             Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t ->             Yojson.Basic.json           val default : Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t           val default_without_cosmic :             Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t           val compile :             reference:Biokepi_run_environment.Reference_genome.t ->             Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t ->             [> `Arguments of string list ] *             [> `Edges of                  Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ]           val name : Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t -> string         end     end   val indel_realigner_output_filename_tag :     configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Indel_realigner.t *                   Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Realigner_target_creator.t ->     ?region:[< `Chromosome of string              | `Chromosome_interval of string * int * int              | `Full ] ->     < product : < path : string; .. >; .. > list -> string   val indel_realigner :     ?compress:bool ->     ?on_region:Biokepi_run_environment.Region.t ->     configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Indel_realigner.t *                   Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Realigner_target_creator.t ->     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     ?run_directory:string ->     'Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_or_bams -> 'a   val indel_realigner_map_reduce :     ?compress:bool ->     configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Indel_realigner.t *                   Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Realigner_target_creator.t ->     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     ?run_directory:string ->     'Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_or_bams -> 'a   val call_gatk :     analysis:string ->     ?region:[< `Chromosome of string              | `Chromosome_interval of string * int * int              | `Full              > `Full ] ->     string list -> Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Program.t   val base_quality_score_recalibrator :     configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Bqsr.t *                   Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Print_reads.t ->     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     input_bam:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file               Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     output_bam:string ->     < escaped_sample_name : string;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string; sample_name : string;       sorting : [ `Coordinate | `Read_name ] option >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val haplotype_caller :     ?more_edges:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ->     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     input_bam:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file               Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     result_prefix:string ->     [< `Map_reduce      | `Region of          [< `Chromosome of string           | `Chromosome_interval of string * int * int           | `Full           > `Full ] ] ->     < as_single_file : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.single_file                        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.product;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val mutect2 :     ?more_edges:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ->     configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t ->     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     input_normal_bam:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file                      Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     input_tumor_bam:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file                     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     result_prefix:string ->     [< `Map_reduce      | `Region of          [< `Chromosome of string           | `Chromosome_interval of string * int * int           | `Full           > `Full ] ] ->     < as_single_file : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.single_file                        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.product;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node end