sig   module Remove = Biokepi_run_environment.Workflow_utilities.Remove   val create_dict :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     < is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; .. >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val sort_vcf :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     ?sequence_dict:< is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t                                option;                      path : string; .. >                    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; .. >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   module Mark_duplicates_settings :     sig       type t = {         name : string;         tmpdir : string option;         max_sequences_for_disk_read_ends_map : int;         max_file_handles_for_read_ends_map : int;         sorting_collection_size_ratio : float;         mem_param : string option;       }       val factory : Biokepi_bfx_tools.Picard.Mark_duplicates_settings.t       val default : Biokepi_bfx_tools.Picard.Mark_duplicates_settings.t       val to_java_shell_call :         default_tmp_dir:string ->         Biokepi_bfx_tools.Picard.Mark_duplicates_settings.t -> string     end   val mark_duplicates :     ?settings:Biokepi_bfx_tools.Picard.Mark_duplicates_settings.t ->     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     input_bam:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file               Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     string ->     < escaped_sample_name : string;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string; sample_name : string;       sorting : [ `Coordinate | `Read_name ] option >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val reorder_sam :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     ?mem_param:string ->     ?reference_build:string ->     input_bam:< is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t                           option;                 path : string; reference_build : string; .. >               Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     string ->     < escaped_sample_name : string;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string; sample_name : string;       sorting : [ `Coordinate | `Read_name ] option >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val bam_to_fastq :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     sample_type:[< `Paired_end | `Single_end ] ->     output_prefix:string ->     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < escaped_sample_name : string; fragment_id : string option;       fragment_id_forced : string;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       paths : string * string option;       r1 : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.single_file;       r2 : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.single_file option;       sample_name : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val clean_bam :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     string ->     < escaped_sample_name : string;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string; sample_name : string;       sorting : [ `Coordinate | `Read_name ] option >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node end