sig   module Remove = Biokepi_run_environment.Workflow_utilities.Remove   val sam_to_bam :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     reference_build:string ->     < is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; .. >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < escaped_sample_name : string;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string; sample_name : string;       sorting : [ `Coordinate | `Read_name ] option >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val faidx :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     < is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; .. >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val flagstat :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     < is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; .. >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val bgzip :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     < is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; .. >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     string ->     < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val tabix :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     tabular_format:[< `Bed | `Gff | `Psltab | `Sam | `Vcf ] ->     < is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; .. >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val do_on_bam :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     ?more_depends_on:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ->     name:string ->     ?more_requirements:Biokepi_run_environment.Machine.Make_fun.Requirement.t                        list ->     < is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : 'a; .. >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     product:(< is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t                          option;                path : string; .. >              as 'b)             Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.product ->     make_command:('a -> string -> string list) ->     'b Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val sort_bam_no_check :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     by:[ `Coordinate | `Read_name ] ->     < escaped_sample_name : string;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string; sample_name : string;       sorting : [ `Coordinate | `Read_name ] option >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.product     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < escaped_sample_name : string;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string; sample_name : string;       sorting : [ `Coordinate | `Read_name ] option >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val sort_bam_if_necessary :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     by:[ `Coordinate | `Read_name ] ->     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val index_to_bai :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     ?check_sorted:bool ->     < is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; sorting : [> `Read_name ] option; .. >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val mpileup :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     ?adjust_mapq:int ->     region:[< `Chromosome of string             | `Chromosome_interval of string * int * int             | `Full ] ->     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node   val merge_bams :     run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->     ?delete_input_on_success:bool ->     ?attach_rg_tag:bool ->     ?uncompressed_bam_output:bool ->     ?compress_level_one:bool ->     ?combine_rg_headers:bool ->     ?combine_pg_headers:bool ->     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node list ->     string ->     < escaped_sample_name : string;       host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;       is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;       path : string; reference_build : string; sample_name : string;       sorting : [ `Coordinate | `Read_name ] option >     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node end