sig   module Definition :     sig       type t = { name : string; version : string option; }       val create :         ?version:string ->         string -> Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val to_opam_name :         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t -> string       val to_string :         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t -> string       val to_directory_name :         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t -> string       val get_version :         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t -> string option       val get_name :         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t -> string     end   module Default :     sig       val bwa : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val freebayes : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val sambamba : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val samtools : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val bcftools : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val vcftools : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val bedtools : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val somaticsniper : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val varscan : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val mutect : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val gatk : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val strelka : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val virmid : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val muse : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val star : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val stringtie : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val cufflinks : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val hisat : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val hisat2 : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val mosaik : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val kallisto : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val bowtie : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val fastqc : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val igvxml : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val hlarp : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val samblaster : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val delly2 : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val optitype : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val seqtk : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val seq2hla : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val picard : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val snpeff : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val pyensembl : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val vcfannotatepolyphen :         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val topiary : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val vaxrank : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t       val isovar : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t     end   type t = {     definition : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t;     init : Common.KEDSL.Program.t;     ensure : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.phony_workflow;   }   val create :     ?init:Common.KEDSL.Program.t ->     ?ensure:< is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; .. >             Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->     Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t ->     Biokepi_run_environment.Machine.Tool.t   val init : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.t -> Common.KEDSL.Program.t   val ensure :     Biokepi_run_environment.Machine.Tool.t ->     Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.phony_workflow   module Kit :     sig       type tool = Biokepi_run_environment.Machine.Tool.t       type t =           Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t ->           Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Kit.tool option       val concat :         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Kit.t list ->         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Kit.t       val of_list :         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Kit.tool list ->         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Kit.t       val get_exn :         (Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t -> 'a option) ->         Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t -> 'a     end end