Module Biokepi_bfx_tools.Vaxrank.Configuration (.ml)

module Configuration: sig .. end

type t = {
   name : string;
   vaccine_peptide_length : int;
   padding_around_mutation : int;
   max_vaccine_peptides_per_mutation : int;
   max_mutations_in_report : int;
   min_mapping_quality : int;
   min_variant_sequence_coverage : int;
   min_alt_rna_reads : int;
   include_mismatches_after_variant : bool;
   use_duplicate_reads : bool;
   drop_secondary_alignments : bool;
   mhc_epitope_lengths : int list;
   reviewers : string list option;
   final_reviewer : string option;
   xlsx_report : bool;
   pdf_report : bool;
   ascii_report : bool;
   parameters : (string * string) list;
}
val to_json : t -> Yojson.Basic.json
val render : t -> string list
val default : t
val name : t -> string