Module Biokepi_bfx_tools.Topiary.Configuration (.ml)

module Configuration: sig .. end

type t = {
   name : string;
   rna_gene_fpkm_tracking_file : string option;
   rna_min_gene_expression : float;
   rna_transcript_fpkm_tracking_file : string option;
   rna_min_transcript_expression : float;
   rna_transcript_fkpm_gtf_file : string option;
   mhc_epitope_lengths : int list;
   only_novel_epitopes : bool;
   ic50_cutoff : float;
   percentile_cutoff : float;
   padding_around_mutation : int option;
   self_filter_directory : string option;
   skip_variant_errors : bool;
   parameters : (string * string) list;
}
val to_json : t -> Yojson.Basic.json
val render : t -> string list
val default : t
val name : t -> string