module Make:
type 'a repr = Biokepi_pipeline_edsl.To_workflow.Annotated_file.t
type 'a observation = Biokepi_pipeline_edsl.To_workflow.Annotated_file.t
val observe : (unit -> 'a repr) ->
'a observation
val lambda : ('a repr ->
'b repr) ->
('a -> 'b) repr
val apply : ('a -> 'b) repr ->
'a repr ->
'b repr
val list : 'a repr list ->
'a list repr
val list_map : 'a list repr ->
f:('a -> 'b) repr ->
'b list repr
val pair : AF.t -> AF.t -> AF.t
val pair_first : AF.t -> AF.t
val pair_second : AF.t -> AF.t
val to_unit : AF.t -> AF.t
val input_url : string -> AF.t
val save : name:string -> AF.t -> AF.t
val fastq : sample_name:string ->
?fragment_id:string -> r1:AF.t -> ?r2:AF.t -> unit -> AF.t
val fastq_gz : sample_name:string ->
?fragment_id:string -> r1:AF.t -> ?r2:AF.t -> unit -> AF.t
val bam : sample_name:string ->
?sorting:[ `Coordinate | `Read_name ] ->
reference_build:string -> AF.t -> AF.t
val bed : AF.t -> AF.t
val mhc_alleles : [< `File of AF.t | `Names of string list ] -> AF.t
val index_bam : AF.t -> AF.t
val kallisto : reference_build:string -> ?bootstrap_samples:int -> AF.t -> AF.t
val delly2 : ?configuration:Tools.Delly2.Configuration.t ->
normal:AF.t -> tumor:AF.t -> unit -> AF.t
val cufflinks : ?reference_build:string -> AF.t -> AF.t
val bwa_aln : ?configuration:Tools.Bwa.Configuration.Aln.t ->
reference_build:string -> AF.t -> AF.t
val bwa_mem : ?configuration:Tools.Bwa.Configuration.Mem.t ->
reference_build:string -> AF.t -> AF.t
val bwa_mem_opt : ?configuration:Tools.Bwa.Configuration.Mem.t ->
reference_build:string ->
[< `Bam of AF.t * 'a | `Fastq of AF.t | `Fastq_gz of AF.t ] -> AF.t
val star : ?configuration:Tools.Star.Configuration.Align.t ->
reference_build:string -> AF.t -> AF.t
val hisat : ?configuration:Tools.Hisat.Configuration.t ->
reference_build:string -> AF.t -> AF.t
val mosaik : reference_build:string -> AF.t -> AF.t
val gunzip : Biokepi_pipeline_edsl.To_workflow.Annotated_file.t ->
Biokepi_pipeline_edsl.To_workflow.Annotated_file.t
val gunzip_concat : 'a -> 'b
val concat : Biokepi_pipeline_edsl.To_workflow.Annotated_file.t ->
Biokepi_pipeline_edsl.To_workflow.Annotated_file.t
val merge_bams : ?delete_input_on_success:bool ->
?attach_rg_tag:bool ->
?uncompressed_bam_output:bool ->
?compress_level_one:bool ->
?combine_rg_headers:bool -> ?combine_pg_headers:bool -> AF.t -> AF.t
val stringtie : ?configuration:Tools.Stringtie.Configuration.t -> AF.t -> AF.t
val gatk_indel_realigner : ?configuration:Tools.Gatk.Configuration.Indel_realigner.t *
Tools.Gatk.Configuration.Realigner_target_creator.t ->
AF.t -> AF.t
val gatk_indel_realigner_joint : ?configuration:Tools.Gatk.Configuration.Indel_realigner.t *
Tools.Gatk.Configuration.Realigner_target_creator.t ->
AF.t -> AF.t
val picard_mark_duplicates : ?configuration:Tools.Picard.Mark_duplicates_settings.t -> AF.t -> AF.t
val picard_reorder_sam : ?mem_param:string -> ?reference_build:string -> AF.t -> AF.t
val picard_clean_bam : AF.t -> AF.t
val gatk_bqsr : ?configuration:Tools.Gatk.Configuration.Bqsr.t *
Tools.Gatk.Configuration.Print_reads.t ->
AF.t -> AF.t
val seqtk_shift_phred_scores : AF.t -> AF.t
val seq2hla : AF.t -> AF.t
val hlarp : [< `Optitype of AF.t | `Seq2hla of AF.t ] -> AF.t
val filter_to_region : AF.t -> AF.t -> AF.t
val bam_left_align : reference_build:string -> AF.t -> AF.t
val sambamba_filter : filter:[< `String of string ] -> AF.t -> AF.t
val fastqc : AF.t -> AF.t
val flagstat : AF.t -> AF.t
val vcf_annotate_polyphen : AF.t -> AF.t
val snpeff : AF.t -> AF.t
val isovar : ?configuration:Tools.Isovar.Configuration.t -> AF.t -> AF.t -> AF.t
val topiary : ?configuration:Tools.Topiary.Configuration.t ->
AF.t list ->
[< `NetMHC
| `NetMHCIIpan
| `NetMHCcons
| `NetMHCcons_IEDB
| `NetMHCpan
| `NetMHCpan_IEDB
| `Random
| `SMM
| `SMM_IEDB
| `SMM_PMBEC
| `SMM_PMBEC_IEDB
> `NetMHC `NetMHCIIpan `NetMHCcons `NetMHCpan ] ->
AF.t -> AF.t
val vaxrank : ?configuration:Tools.Vaxrank.Configuration.t ->
AF.t list ->
AF.t ->
[< `NetMHC
| `NetMHCIIpan
| `NetMHCcons
| `NetMHCcons_IEDB
| `NetMHCpan
| `NetMHCpan_IEDB
| `Random
| `SMM
| `SMM_IEDB
| `SMM_PMBEC
| `SMM_PMBEC_IEDB
> `NetMHC `NetMHCIIpan `NetMHCcons `NetMHCpan ] ->
AF.t -> AF.t
val optitype : [< `DNA | `RNA ] -> AF.t -> AF.t
val gatk_haplotype_caller : AF.t -> AF.t
val bam_to_fastq : ?fragment_id:string -> [< `PE | `SE ] -> AF.t -> AF.t
val mutect : ?configuration:Tools.Mutect.Configuration.t ->
normal:AF.t -> tumor:AF.t -> unit -> AF.t
val mutect2 : ?configuration:Tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t ->
normal:AF.t -> tumor:AF.t -> unit -> AF.t
val somaticsniper : ?configuration:Tools.Somaticsniper.Configuration.t ->
normal:AF.t -> tumor:AF.t -> unit -> AF.t
val strelka : ?configuration:Tools.Strelka.Configuration.t ->
normal:AF.t -> tumor:AF.t -> unit -> AF.t
val varscan_somatic : ?adjust_mapq:int -> normal:AF.t -> tumor:AF.t -> unit -> AF.t
val muse : ?configuration:Tools.Muse.Configuration.t ->
normal:AF.t -> tumor:AF.t -> unit -> AF.t
val virmid : ?configuration:Tools.Virmid.Configuration.t ->
normal:AF.t -> tumor:AF.t -> unit -> AF.t